赤崁樓是當年荷蘭人所建造,早期漢人稱荷蘭人為“紅毛”,所以赤崁樓也就叫“紅毛樓”。
西元1624年荷蘭人由安平登陸,在一鯤身地方建造“奧倫尼亞城”,三年後改名“熱蘭遮城”。
後來商務繁多原址不敷使用加上水源缺乏,於是遷往赤崁一帶重建市街。
西元1652年發生郭懷一抗荷事件,荷蘭人便於次年在赤崁建造“普羅民西亞城”,
西元1655年大致完成;這就是初期的赤崁樓,城樓背山面海與數里外的“熱蘭遮城”遙相對望,
控制台江內海,因而漸漸市街繁榮成為商業及政務的中心。
西元1661年延平郡王鄭成功攻取赤崁樓並改名“東都明京”暫住城樓。直到荷蘭人投降,
才和子孫移居熱蘭遮城。鄭成功去世後,赤崁樓成為火藥、軍械的貯存所。
西元1721年(清康熙六十年)發生朱一貴事件,城樓遭到嚴重破壞,連門額鐵字也被取下來鑄造武器。
接著幾次地震的肆虐,城樓坍塌,景色更是淒涼。